Jaden, Chazz, Bastion, Zane, Alexis, Banner e Crowler são todos convocados ao escritório do Chanceler Sheppard. O Chanceler explica sobre três cartas lendárias e poderosas, as "Bestas Sagradas", que foram seladas sob a Duel Academy. Ele diz que um grupo maligno chamado Seven Shadow Riders planeja quebrar o selo e usar seu poder. Ele entrega a cada um uma das sete "Chaves do Espírito", que possuem o poder de desbloquear o selo, e instrui-os a protegê-las dos Shadow Riders, pois as chaves só funcionam quando conquistadas de seus guardiões em um duelo. Não demora para que o primeiro Shadow Rider, Nightshroud, apareça e desafie Jaden para um duelo, oferecendo a chave do espírito em troca das vidas de Syrus e Chumley. Além disso, se Jaden perder, sua alma será selada dentro de uma carta.