Certo dia, o estudante do ensino médio Ageha Yoshina encontra um misterioso "cartão telefônico vermelho" esquecido em uma cabine telefônica. Alguns dias depois, sua amiga de infância e colega de classe, Sakurako Amaina, que possuía o mesmo cartão, desaparece repentinamente sem deixar rastros. Em sua busca, Ageha se vê envolvido em rumores que cercam uma série de desaparecimentos misteriosos em todo o país, supostamente obra de uma organização secreta conhecida apenas como "Psyren". Ao se infiltrar no grupo, um jogo mortal começa: um jogo que mudará seu destino para sempre.